Il 5 agosto del 1959 è una di quelle date fatidiche che rientrano negli avvenimenti più cari ella vita di Padre Pio. Arriva finalmente a S.Giovanni Rotondo, la statua della Madonna di Fatima che viene portata in elicottero in tutti i capoluoghi di provincia.
Per S.Giovanni Rotondo viene fatta un’eccezione.
Preparata da una serie di brevi catechesi svolte proprio da Padre Pio ammalato, la visita si rivela carica di suggestione oltre che di affetto verso la Madonna.
Durante la mattinata del 6 agosto il Padre può scendere in chiesa, soffermandosi più volte, seduto perché sfinito e seriamente malato, dinanzi all’immagine della Madonna di Fatima. E, quale gesto affettuoso di tenerezza filiale offre, al bianco simulacro di Maria, la corona del rosario. E’ il momento topico della visita del simulacro della Madonna a S.Giovanni. La statua viene abbassata fino al viso del Padre che finalmente la può baciare teneramente. E’ lo stesso uomo, lo stesso innamorato di Maria, il sacerdote, che quarantaquattro anni prima, scrivendo a padre Agostino aveva così espresso i suoi teneri sentimenti verso l’Immacolata:"Vorrei avere una voce si forte per invitare i peccatori di tutto il mondo ad amare la Madonna. Ma poiché ciò non è in mio potere, ho pregato, e pregherò il mio angiolino a compiere per me questo ufficio"(a Padre Agostino, il 1° maggio 1912, Epistolario pag. 277).
Tra le 14 o 15 del pomeriggio, l’elicottero con la statua della Madonna si alza in volo dalla terrazza della Casa Sollievo della sofferenza. Davanti a Padre Pio che si trova affacciato alla finestra del coro della Chiesa, l’elicottero compie tre giri attorno alla piazza gremita di fedeli. Poi s’allontana verso le Terre di Sicilia. A questo punto, con gli occhi inumiditi dalla commozione, padre Pio rivolge a Maria un breve lamento intriso di abbandono filiale: "Madonna, Mamma mia, sei entrata in Italia e mi sono ammalato; ora te ne vai e mi lasci ancora malato". In questo stesso istante Padre Pio avverte come un brivido scorrere per tutta la persona e guarisce miracolosamente dal male che i medici gli avevano diagnosticato: un tumore alla pleura.
E’ lo stesso Padre Agostino, amico e direttore spirituale di Padre Pio fin dagli anni di seminario a confermare la guarigione immediata del frate stigmatizzato: "In un momento il Padre si sentì come una forza misteriosa nel suo corpo e disse ai confratelli: Sono guarito!".
Per dare completezza alla narrazione di quanto avvenuto, bisogna riportare la testimonianza del dottor Giuseppe Sala, il quale precisa che "in quel tempo, il Padre era già clinicamente guarito dalla pleurite essudativa; si prevedeva una convalescenza, che si sarebbe potuta protrarre per mesi e mesi, salvo complicazioni, ignorandone l’esito e obbligando il paziente a sospendere la consueta attività. Il dott. Sala riconosce che "padre Pio si riprese in modo inaspettato e con la terapia predisposta dai medici".