Lo scandalo Giuffré che aveva sconvolto l'ordine dei cappuccini, il desiderio di rifarsi economicamente con le offerte che quotidianamente giungevano a padre Pio da tutto il mondo, l'influenza nefasta di mons. Bortignon, ed altro ancora avevano creato tutti i presupposti di un nuovo motivo di sofferenza per il frate delle stigmate. Il 22 luglio del 1960 il S. Ufficio nomina mons. Carlo Maccari Visitatore apostolico del convento di S.Giovanni Rotondo e della Casa Sollievo della Sofferenza.
La visita viene effettuata Dal 29 luglio al 2 ottobre. Appena arrivato a S.Giovanni Rotondo, mons. Maccari ordina subito l'annullamento di tutti i programmi dei festeggiamenti del giubileo sacerdotale di Padre Pio, che sarebbe caduto il 10 agosto. Poi torna a Roma per non turbare, con la sua presenza, la celebrazione.
I figli spirituali di Padre Pio avevano informato, in precedenza, i vescovi italiani del suo imminente Cinquantesimo sacerdotale e da ogni parte erano arrivate lettere e telegrammi di felicitazione. Il cardinale di Milano, monsignor Montini, futuro Paolo VI, aveva inviato una lettera autografa, traboccante di affetto e di stima. Lo stesso aveva fatto il cardinale Lercaro arcivescovo di Bologna. Erano arrivate 79 testimonianze di vescovi italiani insieme a quella del vescovo di Chigago negli Stati Uniti.
Ora, nonostante tutto, un gruppo di laici e figli spirituali di padre Pio riescono a realizzare, tra tante difficoltà, una pubblicazione comprendente le testimonianze di affetto di alcuni cardinali, 79 vescovi e di illustri personaggi come Riccardo Bacchelli, Piero Bargellini, Nino Salvaneschi, Lorenzo Bedeschi, Luigi Gedda e l'inglese Graham Green. Il libro si intitola:"Cinquant'anni di sacerdozio - A Padre Pio - Omaggio dei suoi figli spirituali sparsi per il mondo".
Il 10 agosto, anniversario della prima Messa, Padre Pio celebra all'aperto il suo Giubileo sacerdotale. In ricordo della cerimonia viene stampata un'immagine il cui testo era stato preparato dallo stesso Padre Pio. In poche frasi esprime la storia di cinquant'anni di sacerdozio e di una vita totalmente vissuta per Dio: "O Maria, madre dolcissima dei sacerdoti, Mediatrice di tutte le grazie, dal profondo del mio cuore Ti prego, Ti supplico, Ti scongiuro di rendere grazie oggi, domani e sempre a Gesù per il dono inestimabile dei cinquant'anni di sacerdozio. Gesù, concedimi il perdono dei miei peccati, negligenze e omissioni; dammi la grazia di perdonare me stesso e di perseverare; benedici con abbondanza i miei superiori e tutti i miei confratelli; fa che i gruppi di preghiera diventino fari di luce e d'amore nel mondo. O Maria, madre e salute degli infermi, aiuta, proteggi e consola i malati. Fa fiorire la tua Casa Sollievo della Sofferenza; dona al mondo devastato la vera pace, alla Chiesa Cattolica il trionfo del Tuo Figlio".
In questo giorno di gaudio Padre Pio cerca di dimenticare tutte le pene e le sofferenze subite. Il suo pensiero è colmo di gratitudine per il Signore:"Si, la mia anima è ferita d'amore per Gesù; sono malato d'amore; provo in continuazione la pena amara di un ardore che brucia e non consuma", aveva scritto 48 anni prima a Padre Agostino dalla sua Pietrelcina. (lettera a Padre Agostino, 9 agosto 1912, Epistolario I p. 297).
La prudenza dell'Autorità ecclesiastica nei confronti di Padre Pio e le restrizioni che sono imposte al suo ministero non impediscono alle folle di fedeli di salire a S.Giovanni Rotondo. E se da una parte sembra non compresa, la missione del frate stigmatizzato, dall'altra il "Dito" di Dio attesta limpidamente, in questi tempi turbolenti, che il Padre di Pietrelcina ha un rapporto privilegiato e straordinario con il Cielo.
LA GUARIGIONE DI WANDA POLTAWSKA
Proprio in questi anni della seconda grande "Prova" avviene una guarigione miracolosa, unanimemente riconosciuta come tale in quanto uno dei testimoni del prodigio è Karol Wojtyla, il futuro Papa San Giovanni Paolo II. Siamo nel novembre del 1962. Karol Wojtyla, vicario capitolare di Cracovia, mentre partecipa alla prima sessione del Concilio Vaticano II, viene a sapere che una delle sue collaboratrici, Wanda Poltawska, è gravemente ammalata di un cancro alla gola e deve affrontare un intervento chirurgico pressoché inutile. Wojtyla aveva conosciuto Padre Pio a S.Giovanni Rotondo nel lontano 1947, ed era rimasto colpito da quest'anima di Dio, tutta preghiera e sofferenza, che gli aveva predetto, davanti ad Enrico Medi, la sua nomina a Sommo Pontefice. Si rivolge quindi a Padre Pio scrivendogli una lettera in latino il 17 novembre 1962. Chiedendo di pregare per la Poltawska, Karol Wojtyla scrive che "Si tratta di una donna di quarant'anni, madre di quattro figli che, durante la guerra, è stata per quattro anni in campo di concentramento in Germania. Oggi la sua vita è in pericolo a causa di un cancro". "A quello non posso dire di no", dice padre Pio ad Angelo Battisti, latore della missiva.
Dieci giorni dopo viene recapitata una seconda lettera a S.Giovanni Rotondo. Il mittente è sempre lo stesso Karol Wojtyla: "Venerabile Padre, la donna abitante a Cracovia in Polonia, madre di quattro bambini, ha ricuperato all'improvviso la salute il 21 novembre, prima dell'intervento chirurgico. Deo Gratias. E la ringrazio, Venerabile Padre, a nome della donna, del marito e di tutta la famiglia. In Cristo, Karol Wojtyla, vicario capitolare di Cracovia. Roma 28 novembre 1962.
Il giorno prima dell'operazione, Wanda Poltawska si era ritrovata istantaneamente guarita, tra la meraviglia dei medici che non seppero dare una risposta razionale all'immediata guarigione (Cfr. Yves Chiron, Padre Pio, una strada di misericordia, Ed. Paoline, pag. 317 ss.).
Come si può intuire, se i progetti degli uomini sembrano, a volte, dare un determinato corso al destino degli altri, il "Dito" della Presenza di Dio, molte volte, corregge e rettifica ciò che certuni, magari, non avrebbero desiderato, indirizzandolo laddove Egli vuole. La guarigione di Wanda Poltawska, con la testimonianza diretta di chi l'ha chiesta, l'attuale Pontefice Giovanni Paolo II, è uno di quei Segni con i quali il Signore della Storia ha voluto autenticare con straordinaria evidenza la Santità di Padre Pio da Pietrelcina.
Le sofferenze di Padre Pio, le continue incomprensioni, i limiti imposti al suo ministero sacerdotale, non intaccano minimamente la sua missione di sacerdote orante sull'altare e fedele al ministero della confessione.
Con l'inizio del Concilio Vaticano II°, specialmente nell'ottobre del 1962, moltissimi vescovi e cardinali accorrono sul Gargano per toccare con mano la straordinaria esperienza mistica e l'eroismo sacerdotale del frate stigmatizzato. Giuseppe Slipyi, Antonio Bacci, Giacomo Lercaro, Giacomo Luigi Copelo sono solo alcuni dei cardinali e vescovi che, approfittando di qualche pausa dei lavori conciliari, si recano a visitare il frate di Pietrelcina. Con loro tantissimi vescovi e Padri Conciliari venuti da ogni parte del mondo.
Padre Pio va perdendo, giorgno dopo giorno, le sue non comuni energie, logorato nel fisico ed estenuato da sofferenze morali, particolarmente dalla recente visita apostolica di mons. Maccari e da quella successiva del domenica padre Paul-Pierre Philippe.